一：差速离心：逐次增加离心力，每次可沉降样品溶液中的一些组份。
差速离心是一种常用的方法。在这种方法中，离心管在开始时装满了均一的样品溶液。通过在一定速度下一定时间的离心后，就可得到两个部份：沉淀和上清液。
通常在第一次离心时把大部分不需要的大粒子沉降去掉。这时所需的组份大部分仍留在上清液中。然后将收集到的上清液以更高速度离心，把所需的粒子沉积下来。离心的时间要选择得当，使大部份不需要的更小的粒子仍留在上清液中。对于得到的沉淀和上清液可以进行进一步的离心，直到达到所需要的分离纯度为止。
差速离心的特点是操作简单，但分离纯度不高。
二：密度梯度离心法：可以同时使样品中几个或全部组份分离，具有很好的分辨率。
(1)速率区带法：
根据样品中不同粒子所具有的不同的尺寸大小及沉降速度(S)。大致步骤如下：
在离心管中装入密度梯度溶液，溶液的密度从离心管顶部至底部逐渐增加(正梯度)。
将所需分离的样品小心地加至密度梯度溶液的顶部。样品在梯度溶液表面形成一负梯度。
由于不同大小的粒子在离心力作用下，在梯度中移动的速度不一样，所以经过离心后会形成几条分开的样品区带。
注意：样品粒子的密度必须大于梯度液注中任一点的密度。离心过程必须在区带到达管子底部前停止。
(2)等密度离心法：
根据粒子的不同密度来分离。离心过程中，粒子会移至与它本身密度相同的地方形成区带。
密度样度的选择要使梯度的范围包括所有待分离粒子的密度。样品可以在密度梯度液粒上面或均匀分布在密度梯度中。经离心后，样品粒子达到它们的平衡点。
注意：平衡后粒子的分离由其密度决定，与时间无关，此时再改变离心转速，只能改变区带的相对位置。
